Im frühen Mittelalter spielten die Klosterbrauereien noch keine nennenswerte Rolle. Erst nach und nach entwickelte sich der Wirtschaftsfaktor Bier in den Klöstern.

Bald fanden die Mönche jedoch heraus, dass Bier nicht nur den Durst stillte, sondern dass es auch sättigte, wenn man es dick und kräftig braute. Das war wichtig, denn in vielen Orden gab es strenge Fasternegeln. Tagelang, manchmal auch wochenlang durfte nichts gegessen werden. Trinken hingegen war erlaubt, denn als alter kirchlicher Grundsatz galt: „Flüssiges bricht Fasten nicht.“

Die Qualität der in Klöstern gebrauten Biere entwickelte sich im Allgemeinen besser als die der städtischen Biere, und zwar aus drei Gründen:

• Im Kloster legte man großen Wert auf die Qualität des Braugetreides
• Die in der Brauerei arbeitenden Brüder konzentrierten sich lediglich auf die Braukunst und wurden Spezialisten
• In Klöstern waren Bibliotheken; so konnten in erster Linie die Äbte alte Schriften – auch aus der Antike – studieren und so ein großes Wissen um die Herstellung von Bier sammeln

Es wurde in Männer- wie in Frauenklöstern gleichermaßen gebraut. Für das Mälzen wurde im Prinzip jede stärkehaltige Pflanze verwendet: Gerste, Weizen, Hafer, Hirse, Bohnen oder Wurzeln. Bis der Hopfen als Zutat sich durchsetzte, gab man alle (un)möglichen Würz-Zutaten in den Sud: Wermut, Hirse, Fenchel und Wacholder; Nelken, Salbei, Schafgarbe und Kirschblüten; Eichen-, Kiefer- und Birkenrinde; Schlangenkraut, Ochsengalle und Kienruß.

Dass der Hopfen sich schließlich durchsetzte, lag daran, dass er das Bier eine längere Weile halt- und damit in Kellern lagerbar machte.

Die Mönche und Nonnen bekamen eine tägliche Ration Bier zugemessen, woraus später die „Maß“ entstand. Das Bier wurde jedoch nicht nur zum eigenen Verzehr gebraut, sondern auch an Arme, Bettler, Gaukler, Reisende und Pilger neben Essen kostenlos ausgegeben. Später wurde das Bier auch verkauft, Klosterschenken entstanden und die Konkurrenz zwischen den Klöstern stieg, was der Qualität des Biers zugute kam.

Es gab mindestens 500 Klosterbrauereien – davon zeitweise 300 allein in Bayern. Das war eine gewaltige Zahl, wenn man bedenkt, dass das Land zu jener Zeit weit dünner besiedelt war als heute. Ganz Deutschland, vom Rhein bis zur Oder, hatte damals lediglich 9-10 Mio. Einwohner.

Die Reformation brachte die Auflösung vieler Klöster und damit auch der Klosterbrauereien. Im Dreißigjährigen Krieg wurden weitere Klöster zerstört. Schließlich kam die Säkularisation im Jahre 1803, die viel kirchlichen Besitz in weltliche Hände brachte; allein in Bayern verschwanden 200 Klosterbrauereien.

Damals wurden auch die für ihr Bier berühmten Klöster St. Gallen und Weihenstephan aufgelöst. Weihenstephan – heute ist dort die Fakultät für Brauwesen der Münchner Universität untergebracht – wurde Staatsbrauerei.

So haben sich bis heute nur ganz wenige echte Klosterbrauereien erhalten: Es sind acht Stück, von denen Kloster Andechs (bei München) und Kloster Ettal (bei Oberammergau) die bekanntesten sind.

Die Brautradition und der Name vieler Klosterbiere – wie z.B. Paulaner, Augustiner oder Franziskaner – wurden von weltlichen Brauereien übernommen und meist sehr erfolgreich weitergeführt.